Die Isteiner Schwellen sind Stromschnellen im Rhein bei der Ortschaft Istein , Teilort der Gemeinde Efringen-Kirchen.

Sie stellten früher ein großes Hindernis für die Schifffahrt kurz unterhalb von Basel dar. Unter anderem wegen den Isteiner Schwellen wurde der Rheinseitenkanal (französisch: Grand Canal d'Alsace) von Weil am Rhein-Märkt bis nach Breisach gebaut.

Die Isteiner Schwellen sind das letzte Überbleibsel eines Jura-Massivs, (Isteiner Klotz) das ursprünglich dem Rhein den Weg in Richtung Norden versperrte.